A proteína e demais componentes da soja fazem mal ou bem?

Por que as pessoas dizem que a proteína de soja não é saudável?

A soja é atacada principalmente devido a uma combinação de exagero e de falta de interpretação, mas aqueles que atacam têm lá suas razões.
Assim como uma gota de água não significa nada para um rio, alguns componentes “malignos” da soja estão presentes numa concentração irrelevante.
Outro ponto sobre a soja é a qualidade do seu grão. No Brasil por exemplo, os melhores grãos produzidos pelo país são destinados à exportação, enquanto aqueles de pior qualidade ficam para consumo interno do país. Sendo assim, o grão que já era desacreditado fica com dificuldade de se reerguer.
Um dos fatores mais complicados da soja são suas isoflavonas, que possuem estrutura parecida com o estrogênio. E, apesar de não existir estudo conclusivo quanto a isso, em tese, superdesenvolveria a mulher e subdesenvolveria o homem em seu crescimento metabólico muscular.

A Soja prejudica a absorção de proteínas?

A soja possui componentes que inibem a absorção natural de proteínas no nosso corpo, então, não é necessariamente a proteína da soja que tem sua absorção reduzida, mas o fato da ingestão de soja vai diminuir o nível de absorção de outras proteínas também, como a das carnes por exemplo.
Nada de espantoso, visto que as plantas têm por objetivo a sobrevivência, e esse seria um mecanismo de defesa da planta para não ser comida.
Mais uma vez tem que se tocar no assunto quantidade, logo que a diferença entre o veneno e o remédio é a quantidade. Se sua ingestão de soja é mínima, vai ser irrelevante o efeito colateral causado por ela.